Secondo me, devi guardare anche com'è il condotto di scarico al suo interno. Può essere che il condotto sia "storto" e che quindi risulti perpendicolare alla marmitta anche se esteticamente pare storta.
Il guadagno in allungo che hai ottenuto a mio avviso potrebbe essere una conseguenza del fatto che potresti aver accorciato la marmitta nel tratto del collettore, pertanto il motore gira più alto.
In ultimo il controcono è funzionale al funzionamento della marmitta sul 2t, altrimenti i gas di scarico non potrebbero generare l'onda riflessa e tornare indietro a far sentire i suoi effetti sul pacco e sul riempimento come giustamente hai citato. Ora il discorso di fare un venturi raggiato al posto di una sezione conica non sò come funzioni, ma credo sia già stato provato negli anni, sopratutto nel motomondiale. Piuttosto esiste l'ugello di de Laval che viene messo prima dello spillo e serve appunto a accelerare i gas e aumentare gli effetti della marmitta.
ti posto un link che spiega che cos'è
http://it.wikipedia.org/wiki/Ugello_de_Laval