cioè ad esempio alzo il cilindro con una cupola +30 e per non perdere sotto cerco di non andare oltre lo 0,40 di squish e usare una cupola più compressa?

sicuro avrei un motore più pronto ma con più sollecitato

come in tute le cose bisogna provare,e durante queste prove si fanno le spaccate,
TRADOTTO IN SOLDONI.

Ma se io rimonto una cupola standard e quindi tolgo alcuni lamierini e riabbasso il cilindro guadagnerei ai bassi regimi? Se lo scarico non è completamente scoperto quali tipi di problemi crea a livello di prestazioni?

sì, guarda , io monto cupola standard, squish a 0,45 , e il motore va che è una bomba,
e anch'io come te ho lo scarico non completamente scoperto . problemi zero.

sostanzialmente diminuisce leggermente l'area della porta e la durata dello scarico.
secondo me può fare varie prove.
1) cupola std supponiamo 0.40 di squish qui hai i massimi bassi possibili dal tuo motore.
2) cupola std puoi provare uno squish un pò più alto, 0.50-0.60 e così via, avrai fasature più alte rispetto alla soluzione 1 ma più basse rispetto a quelle che hai adesso. quindi più tiro in alto rispetto alla 1 ma al contempo scarico maggiormente libero che potrebbe favorire un migliore funzionamento della marmitta non trovandosi il pistone in mezzo alla strada con l'onda di riflessa dei gas di scarico.
3) puoi prendere una cupola nuova, che ti permetta di scoprire completamente lo scarico, avere un rapporto di compressione bello deciso e uno squish basso.
4) puoi lavorare sulla lunghezza e lo spillo dello scarico per recuperare il tiro che perdi mantenendo la -0.30 di cupola.

hai varie strade... io proverei la due.

comunque per avere un tiro migliore ai medio bassi si usa cupola troncoconica,poi bisogna controllare rdc poichè le cupole per quanto dicano che hanno le stesse volumetrie variano sempre anche di poco,ma quando arrivi al limite basta quel poco per rompere...

Come dice Luca80, problemi zero e se lo vuoi veramente cattivo puoi portare lo squish a 0,40 (avrai poi difficoltà in apertura, nella guida) :si: